Na Univerzitetu u Bolonji, najstarijem u Evropi i svijetu, školovala su se neka od najvećih imena italijanske književnosti, kao što su Dante, Petrarka i Bokačo. Danas Bolonjski univerzitet čine 23 fakulteta, 68 odjeljenja i 93 biblioteke, koje se, pored Bolonje, nalaze u kampusima u obližnjim gradovima – Ćezeni, Forliju, Raveni i Riminiju. Najznačajniji su Pravni fakultet, Fakultet političkih nauka, Fakultet književnosti i filozofije i Medicinski fakultet. Tu se školuje oko 70.000 studenata iz cijelog svijeta.
Bolonja se hrabro opirala svim pokušajima ovladavanja, čak i za vrijeme krvavog građanskog rata. U drugoj polovini 13. vijeka grad je podijeljen između dvije frakcije, okupljene oko dvije istaknute bolonjske porodice – Geremeija, koji su pripadali Gvelfima (pristalice pape), i Lambertacija, Gibelina (podržavali su cara). Krajem vijeka Gvelfi su pobijedili, potčinivši Bolonju papi Nikoli III, koji je 1278. postao njen vladar. Uprkos tome gradu je ostavljen visok stepen autonomije. U to vrijeme Bolonja je bila, poslije Kordobe, Pariza, Venecije, Firence i, vjerovatno, Milana, najznačajniji grad u Evropi. Tada je imala između 60.000 i 70.000 stanovnika.
U 15. vijeku na vlast dolazi porodica Bentivoljo, ali je to i period kad se za vlast nad gradom bore i milanski vikonti i papa. U tom sukobu pobjedu je odnijela crkva 1506. godine. Odnosi grada i crkve poslije toga ostali su problematični sve do 19. vijeka. U 16. vijeku u gradu je izbila epidemija kuge, pa se broj stanovnika smanjio sa 70 na 59 hiljada, a drugi talas kuge, 1630. godine, ubio je još 12.000 ljudi. Početkom 17. vijeka stanovništvo Bolonje desetkovano je kugom, ali uprkos tome grad se konstantno razvijao. U to vrijeme sagrađene su neke od velelepnih palata, a procvat je doživjela i umjetnost. U 18. vijeku u Bolonji počinje da se razvija tekstilna i prehrambena industrija, što kvalitet života u gradu podiže na još viši nivo. Bolonja je bila drugi papski grad (poslije Rima) i tokom 19. vijeka bila je dio događaja koji su promijenili sliku Evrope. Godine 1859. Bolonja postaje dio ujedinjene Italije.
U novim političkim uslovima Bolonja postaje važan trgovački i industrijski centar (prehrambena, obućarska, keramička, hemijska, metaloprerađivačka industrija, mašinogradnja), a pošto se broj stanovnika neprestano povećavao, početkom 20. vijeka srušene su stare gradske zidine (osim nekoliko dijelova), da bi grad mogao da se prostorno širi. Ali, još je u velikoj mjeri sačuvana srednjovjekovna arhitektura s upečatljivim palatama, fontanama i dva očuvana tornja, Asineli i Grisenda. Grad je nadsvođen i sa oko 40 kilometara kolonada, koje su uz univerzitet jedan od simbola Bolonje. Jedno je i od najvažnijih kulturnih središta u Italiji.
Tokom Drugog svjetskog rata grad je bio oštećen u vazdušnim bombardovanjima, ali se brzo oporavio i postao jedan od najrazvijenijih gradova u Italiji. Glavni grad pokrajine Emilija-Romanja Bolonja je postala 1970. Danas Bolonja ima oko 370.000 stanovnika (u vrijeme predavanja na univerzitetu taj broj se poveća za još 100.000) i važna je saobraćajna raskrsnica sjeverne, srednje i južne Italije.
